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哪些因素會影響測序結果的質量?

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點擊次數:2164 更新時間:2019年06月06日16:56:13 打印此頁 關閉

(1)個體的雜合度:個體的雜合度越高,拚接難度越大,甚至可能導致序列無法拚接。

(2)物種基因組的多態性:由於一些物種的個體太小,單個個體提取的基因組 DNA 的量可能難以滿足測序的要求(如一些寄生蟲),如此便需要混合多個個體進行基因組 DNA 抽提以用於測序。對於這類情況,需要評估該物種基因組的多態性,如果基因組的多態性太高,會影響後續基

因組的拚接。

(3)DNA 樣本的質量:對於細菌與真菌而言,樣品來源一定要單一菌落無汙染,動植物樣本也要盡量純合,且無汙染,否則會嚴重影響測序結果的質量。另外製備基因組不能小於 23Kb,如果片段過小,在基因組片段化(Fragment)的過程中容易造成小片段丟失,導致構建的測序文庫不能完整的覆蓋全基因組,對測序結果產生重大的影響。

(4)另外如果基因組的某些區域的 GC 含量過高(GC%≥65%)會使測序過程中出現偏向性,導致某些區域的覆蓋率太低,從而影響後續的拚接和注釋。

(5)對於重複序列過多的物種,大量重複序列的存在會產生許多錯誤的重疊,造成拚接產生的 contigs 過短,從而導致結果的嚴重偏差。

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